Cơ cấu tổ chức của A01 gồm các phòng tham mưu, chính trị - hậu cần và các phòng nghiệp vụ phản gián, cụ thể gồm:

• Phòng Tham mưu[7]
• Phòng Chính trị - Hậu cần[8]
• Phòng Châu Á 1 [9][8]
• Phòng Châu Á 2 [8][10]
• Phòng Châu Á 3 [8]
• Phòng Châu Á 4 [8][11]
• Phòng Châu Mỹ[8]
• Phòng Châu Âu 1
• Phòng Châu Âu 2 [8]
• Phòng 8[12]
• Phòng Tổ chức quốc tế và phi chính phủ nước ngoài[13][8]